Integrovaný skladový systém v Shoptecu nie je náhradou akéhokoľvek programu pre skladové hospodárstvo. Je mostíkom, ktorý prepája obdobné systémy a ukladá u seba len nevyhnutné informácie o skladových položkách pre účely synchronizácie dát.
Logika skladového hospodárstva Shoptecu spočíva v možnosti vytvoriť neobmedzený počet skladov. Do každého skladu je následne možné zaradiť variant produktu, resp. informáciu o jeho počte ks na sklade. Pohyby skladových položiek je možné sledovať v sekcii Objednávky » Sklady po kliknutí na tlačidlo Skladové pohyby.
Manuálne vytvorenie skladovej položky je možné pri úprave konkrétneho produktu, resp. jeho variantu. Existujú 2 stavy, ktoré môže mať variant produktu z pohľadu skladovosti:
Každej položke sa dá určiť vlastná jednotka, napr. ks, palety, ml, cm a pod. Jednotka skladovosti nie je povinnou položkou.